Souji đổi tên thành Okita Souji Fujiwara no Kaneyoshi trước khi lên Kyoto năm 1863. Anh trở thành một trong những thành viên sáng lập của Shinsengumi trong vai trò Trợ thủ phó cục trưởng (Fukuchou Jokin)[4]. Okita Rintarou, cũng là một võ sĩ của dòng Thiên nhiên lý tâm, trở thành người đứng đầu Shinchougumi[5] (lực lượng cảnh sát tương tự như Shinsengumi ở Edo)

Souji là một trong 2 thành viên trẻ nhất của Thí vệ quán cùng với Toudou Heisuke tại Shinsengumi. Anh cũng là một trong những thành viên của Thí vệ quán đã tham gia vào vụ ám sát Serizawa Kamo và Uchiyama Hikojiro năm 1863[6].

Với kỹ thuật thần sầu, Souji có 1 tuyệt chiêu là Mumyo-ken[7] ("Vô ảnh kiếm) hay Sandanzuki (Tam đoạn thích) một kỹ thuật có thể đồng thời tấn công cả cổ, vai phải, vai trái của đối thủ chỉ với 1 chiêu (Tam đoạn thích được cho là có thể tấn công vào 3 điểm cùng 1 lúc, nhưng đó chỉ là sự thêm thắt đồn thổi)[8]. Sandanzuki là sáng tạo của riêng Souji và có thể bắt nguồn từ một chiêu thức học được từ Hijikata (Hirazuki - tuyệt chiêu tấn công ngang, ý tưởng cho Nha Đột của Saitou trong Rurouni Kenshin)

Trong một thời gian dài người ta tin rằng những dấu hiệu đầu tiên về bệnh lao của Okita xuất hiện từ lúc anh ho ra máu và ngất đi trong sự kiện "quán trọ Ikedaya", nhưng một số nguồn tin gần đây cho rằng anh mắc phải căn bệnh này sau đó. Thực ra tất cả đều hợp lý vì bệnh lao có thể giết chết người bệnh rất nhanh chóng trong vài tuần hoặc rất lâu tới vài năm. Ngoài ra rất nhiều người hâm mộ Shinsengumi tin rằng Yoshida Toshimaru đã bị giết bởi Okita trong "sự kiện Ikedaya jiken (dựa trên tiểu thuyết của Shimosawa Kan và Shiba Ryoutarou), điều này hoàn toàn không đúng với sự thật lịch sử.[9]

Theo tiểu thuyết của Shiba Ryoutarou, người ta cho rằng Okita và Hijikata thân thiết như anh em. Bên cạnh đó, trong lịch sử, Yamanami Keisuke – một phó cục trưởng khác của Shinsengumi mới là người chia sẻ mối quan hệ thân thiết như ruột thịt với Okita. Việc Yamanami tự sát bằng nghi lễ ''seppuku'' (với Okita là người phụ tá) năm 1865 thực sự gây tổn thương sâu sắc trong phần đời ngắn ngủi còn lại của Okita[10].

Năm 1865, Okita trở thành đội trưởng đội 1 Shinsengumi và phụ trách huấn luyện kiếm thuật cho các đội viên[11]. 1 năm sau, Kondou Isami đã chọn Okita là chủ nhân đời thứ năm của dòng Thiên nhiên lý tâm[12].

Mặc dù không có bằng chứng nào, nhưng có người cho rằng Souji đã từng sử dụng cây kanata (kiếm Nhật) rất nổi tiếng ''Kikuichi-monji'' (Cúc văn nhất tự). Tuy nhiên, chỉ có thể xác định rằng anh thường sử dụng 1 cặp song kiếm là Kashuu Kiyomitsu và Yamatonokami Yasusada'"[13].